Akcja Lost Planet 2 rozgrywa się dziesięć lat po wydarzeniach ukazanych w pierwowzorze. Planeta, którą znamy z jedynki przeszła całkiem udanie proces terraformowania, w wyniku którego jej klimat zmienił się nie do poznania. Lodowce zaczęły ustępować, a w ich miejsce wkroczyły tropikalne dżungle, rozległe miasta, a nawet pustynie. Oprócz poziomów na powierzchni zwiedzimy też podmorską głębię, przestrzeń kosmiczną, a nawet wnętrzności jednego, dość znacznych rozmiarów, Akrida. Gracz stanowi członka ekipy Śnieżnych Piratów, którzy postanowili przejąć glob, nazwany EDN III – tak dla przypomnienia – tylko dla siebie. W mieszankę wkraczają też siły korporacji Nevec, pragnące jak najdłużej i jak najdokładniej eksploatować energię termalną, drzemiącą w rdzennych mieszkańcach planety – Akridach.